口腔粘膜與皮膚損害的鏡下所見基本相同，可概括為：角化過度與角化不全，伴粒層肥厚基底細胞壞死液化變性，及基底膜下有大量淋巴細胞浸潤，此外，有時在棘層，基底層或結締組織內可看到圓形的嗜酸性膠狀體(Givatte bodies，希氏體)，其體積小於棘細胞，但膠狀體也可見於盤狀紅斑狼瘡等多種疾病，在電鏡下可見基底細胞的橋粒與半橋粒的松解變性，於是導致大量炎症細胞浸潤，並在基底細胞與基底膜分離的空隙中形成上皮下水疱，變性的橋粒可能成為抗原而引起自身免疫反應，所以在直接免疫熒光檢查下，有時能在基底膜區出現由免疫復合物沉積所產生的熒光，此外，還可看到基底膜的改變;不規則，增厚，斷裂與重新形成;基底膜斷裂使炎症細胞進入棘層，棘層內的膠狀體可能是被巨噬細胞所吞噬的變性或死亡的上皮細胞。
1.口腔中扁平苔藓最易出現在頰黏膜，其後依次為齒龈，舌，下唇，口腔底和腭，只有出現Wickham紋方可診斷口腔扁平苔藓。
2.線型或網狀型扁平苔藓多發，表現為不規則的線狀或藍白網狀隆起，頰黏膜多發，丘疹型扁平苔藓多少不一，散在或融合，呈界限清晰的白色小丘疹，仔細觀察，在丘疹周圍可能會出現細小條紋，另一個表現是與Wickham紋相連的多個均質性斑塊構成斑塊型扁平苔藓，斑塊型患者吸煙頻率較高，因而可以假定斑塊型扁平苔藓是扁平苔藓並發黏膜白斑所致，萎縮型或潰損主要發生在超過40歲的患者，在干燥，紅色且有光澤的黏膜上出現不規則的淺潰，大疱型少見，大疱通常是在網狀或線狀損害的基礎上發展而來，大疱破裂後形成淺潰，可能產生2次感染。
3.28%～91%的患者主訴有口腔扁平苔藓損害的症狀，萎縮型和潰瘍型扁平苔藓有痛感。
4.口腔扁平苔藓可發展為原位癌，尤其是萎縮型和糜爛型，發病率高1%，1%的口腔扁平苔藓與黏膜白斑相關。
在診斷過程中，應努力尋找皮膚病變，活檢有助於診斷，但基底液化型和鋸齒上皮型不如在皮膚上引人注目。
1.皮膚損害 扁平苔藓是許多苔藓類皮膚病中的一種，損害特點為扁平面有光澤的淺紫紅色多角形丘疹，丘疹如綠豆大小，邊緣境界清楚，質地堅硬干燥，融合後狀如苔藓，損害區粗糙，丘疹間可見皮膚皺褶，由於瘙癢故多有搔痕，以石蠟油塗在丘疹表面，在放大鏡下觀察可看到細白紋，稱Wickham紋，皮膚損害的治療效果一般較粘膜者為優。
2.指甲與(或)趾甲損害 常呈對稱性，但十指(趾)甲同時罹患者並不多見，甲體變薄而無光澤，按壓時有凹陷，有時在甲床顯示紅色針尖樣小點，壓診疼痛，甲體表面可以表現為細鱗縱溝，點隙，切削面(狀如被利刃削去一層而呈平面)，嚴重的指，趾甲損害可使甲體脫落，還可發生潰瘍壞死，某些病例除指(趾)甲損害外還可發生脫發。
3.口腔粘膜損害 主要特征為珠光白色條紋，白紋可以向各個方面延伸，整個線條不被紅紋“切割”，凡白紋稠密時可交織成網狀，稀少時可呈樹枝狀，也可為單線條或繞成環形，類型雖多，但分型並無重要臨床意義，損害往往具有明顯的左右對稱性，粘膜柔軟，彈性正常，但有粗糙感，輕度刺激痛。
(1)網狀損害：較多見於磨牙區粘膜與前庭溝，常自後向前蔓延，損害區粘膜的柔性與彈性基本正常，病人自覺粘膜表面粗糙，口唇活動時受牽拉與進食時有輕度刺激痛等，這也是同白色角化病的區別，由於扁平苔藓的主要病理改變是基底細胞液化變性與固有層大量炎症細胞浸潤，所以在白紋稠密區域，特別是在前庭溝與頰粘膜區域較多發生充血，並形成上皮下水疱，水疱極易破裂而迅速成為淺表糜爛，通常經局部治療，糜爛即可愈合而白紋重新出現，所以這種局限性糜爛，僅僅是本病的一種階段性表現，而不是本病的一種特定類型，白紋稀少區域通常也少發生糜爛，單線條可發生在前庭溝，口底舌腹界，唇紅與附著龈，環形偶見於頰粘膜，(彩圖1)
，彩圖1 頰扁平苔藓
(2)丘疹：狀如針頭大小，微隆，偶見於伴白紋的頰粘膜，但不應與皮脂腺異位症(Fordyce disease)相混淆，因為這二者可以同時存在，異位皮脂腺呈淡黃色顆粒，可以叢集或散在，除了非常淺表的外，一般都隱伏於粘膜下，也無自覺症狀，唇紅部也是異位皮脂腺的好發區域，一般上唇多見於下唇。
(3)斑塊：圓或橢圓形多見，常位於舌背中份或兩側，基本上保持對稱，但也可為單側性，損害區乳頭消失而平伏，方塊型偶見於有吸煙史者的頰粘膜與(或)附著龈，實際上是一種少見的白色角化病，故戒煙後斑塊逐漸消失而白紋重現，(彩圖2)
，彩圖2 舌背扁平苔藓
(4)水疱：一般為粟粒狀，多見於軟腭，但也可發生於其它部位，水疱容易破裂，在一晝夜間又重新出現。
(5)糜爛：糜爛型常見，范圍相當廣泛，幾乎可遍及整個口腔粘膜，雖然，在某些區域尚可隱約顯示白紋樣損害，由於沒有典型表現，故不能為臨床提供診斷依據，附著龈的糜爛常可見殘留的疱壁，狀如“上皮剝脫”，這種具有剝脫性的臨床表現可見於多種炎症性疾病(天疱瘡，類天疱瘡等)，所以舊稱“剝脫性龈炎”，現在已不作為獨立存在的疾病，本型對於抗生素與免疫抑制劑治療常具有對抗性，必須進行全面的系統性檢查，以免贻誤診斷與治療，(彩圖3)
，彩圖3 龈扁平苔藓
4.生殖器粘膜損害 常呈暗紅色的圓或橢圓形斑塊，表面可見白色網狀損害，容易發生糜爛。
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